黑颈鹤(Grus nigricollis Przevalski) 是大山包保护区的主要保护对象，英文为Black-necked Crane。俗名“雁鹅”。体长110—120厘米，体重4—6公斤。雌雄体色相似，大致为灰白色，头顶裸出部份和眼先红色，头、颈的三分之二为黑色，眼后及眼下有一小型白块。尾和飞羽黑褐色，三级飞羽黑色，延长成弓形。

黑颈鹤是中国特有的珍稀濒危动物，于1876年被俄国探险家普尔杰瓦尔斯基在青海湖发现，是世界上现存15种鹤中最晚被科学界发现记录的种类，也是唯一一种栖息在高原地区的鹤。1989年列入国家一级重点保护野生动物，1996 年收入《中国濒危动物红皮书》，列为国家濒危物种，1996年被世界自然保护同盟(IUCN)列为易危(V)物种，1997年被濒危动植物国际贸易公约(CITES) 列为世界急需挽救的濒危物种。

目前，全球黑颈鹤种群数量约为8000余只，1990年大山包仅有200余只，2002年超过1000只，现在每年到大山包越冬的黑颈鹤的数量达到1200余只，2009-2010越冬时间达到229天。大山包大海子、跳墩河和勒力寨三地是黑颈鹤的主要夜宿地。